Dans ce chapitre, nous allons explorer l'importance des plantes modèles dans l'avancement de la génomique végétale. Historiquement, la complexité et la grande taille des génomes des plantes de grande culture ont rendu leur étude difficile. La communauté scientifique a donc choisi de se concentrer sur quelques espèces de référence présentant des avantages génétiques et biologiques.

Ce chapitre s'articulera autour de deux espèces clés, choisies pour représenter la dichotomie des angiospermes :

1. Arabidopsis thaliana (dicotylédone) : Nous détaillerons les caractéristiques structurelles de son génome de petite taille, son rôle historique de première plante séquencée, et les principales bases de données qui lui sont dédiées (TAIR, FLAGdb++, AraCyc).

2. Oryza sativa (le riz, monocotylédone) : Nous analyserons les raisons de son choix comme modèle pour les céréales et les bénéfices que son séquençage complet apporte à la génomique comparative avec d'autres cultures d'intérêt agronomique.

L'étude approfondie de ces modèles jette les bases de la compréhension des mécanismes génétiques fondamentaux, permettant ultimement d'accélérer l'amélioration variétale et la création de nouvelles cultures plus résistantes et productives face aux défis alimentaires mondiaux.